La transsexualité correspond au sentiment viscéral d'appartenir au sexe opposé à celui assigné à la naissance.

Bien que n'ayant été qu'étudiée récemment par le corps médical est un phénomène historiquement ancien, en 100 avant JC un cas de changement de sexe d'une fille en garçon a été découvert par Pline l'Ancien.
A la même époque Les phrygiens d'Anatolie castraient les hommes qui se sentaient femmes et leur permettaient de jouer ainsi le rôle de la femme.

En 1727, les mémoires de l'Abbé de Choisy, publiées à titre posthume, relatent un témoignage autobiographique de sa pratique du travestissement, intitulé "Histoire de la comtesse des Barrs".
Le cas le plus connu historiquement fut en 1777 celui du chevalier Charles-Geneviève d'Eon de Beaumont, qui effectua de nombreuses missions secrètes pour Louis XVI.

La première description médicale de la transsexualité fut fait par un psychiatre français, Jean Esquirol, dans son ouvrage "Des maladies mentales considérées sous les rapports, hygiénique et médico-légal".

Au tout début du XXème siècle, Havelock Ellis distingue l'homosexualité du travestissement habituel en l'appelant "éonisme" et "inversion esthético-sexuelle" pour le travestissement des invertis.
En 1911, Freud s'intéresse à la transsexualité avec l'étude du cas du président Schreber dans "Cinq Psychanalyses". Ce cas délirant a conforté les héritiers de Freud dans l'idée que les transsexuels vivent dans un délire partiel avec une construction imaginaire et une conviction très bien organisée.
En 1921, Felix Abraham pratique la première intervention chirurgicale déstinée à donner une apparence féminine à une transsexuelle. C'est alors le début de l'existence des MtF.

En 1940 première affirmation travestie du poète et écrivain anglais Quentin Crisp qui contribua à la lutte pour la reconnaissance des travestis en Grande Bretagne. Dans ce pays de tradition, de liberté et de tolérance, le travestissement est considéré comme une exentricité.

Durant la seconde guerre mondiale les médecins nazis font des "expériences" de traitement hormonal sur des prisonnier, dont la française Marie-Andrée Schwidenhammer.
En 1949, le psychiatre américain D.O Cauldwell utilise pour la première fois le terme de "transsexualisme".

En 1952, (George)-Christine Jorgensen se fait opérer au Danemark par l'endocrinologue Christian Hamburger et par le Professeur Dahl Iverso. Cette opération fut d'ailleurs fortement médiatisé notamment par un article du "Daily News".
En 1953, le Dr Harry Benjamin distingue la transsexualité de la perversion et de la psychose. Il se prononce alors, dans certains cas, pour la possibilité de changements corporels des patients. Quelques années plus tard il établira le premier "standard de soins", (appelé aussi DSM III) qui définira les différences entre le travestissement, le trangendérisme et la transsexualité. Il établira également les conditions d'administration des traitements hormonaux et la pratique d'actes chirurgicaux.

A la fin des années 50, le plasticien français George Burou opère de nombreuses transsexuelles à Casablanca étant donné qu'en France, l'opération est décrite comme castration selon l'article 316 du code pénal et est donc punie par la loi. Il met au point la technique d'inversion pénienne, celle-ci fut publiquement exposée en 1973 à la faculté de médecine de Stanford et adoptée par la plupart de chirugiens.

En 1962, "Coccinelle" une célèbre transsexuelle française obtient le premier changement d'état-civil et se marie. L'affaire, très médiatisée, fit un tel scandale que les tribunaux français refusèrent par la suite tout autre changement d'identité.

En 1968, le psychiatre américain Robert Stoller établi la distinction entre le "sexe" et le "genre". Il crée la "Gender Identity Clinic" à L'université de Californie (UCLA) à Los Angeles, Université qui s'occupait déjà des hermaphrodites et des travestis.

En 1972, des chirurgiens réalisent la première opération visant à transformer une femme en homme. Les FtM sont alors reconnus.

En 1979, première opération française d'une transsexuelle par le Professeur Pierre Banzet. Dans cette même année, le Conseil National de l'ordre des médecins préconise la rédaction d'un protocole signé par trois médecins experts (un neuropsychiatre, un endocrinologue et un chirurgien) ayant examiné les patients susceptibles de bénéficier de ce type de traitement. Une équipe pluridisciplinaire de Paris, composée du psychiatre J. Breton, du chirurgien P. Banzet et de l'endocrinologue Jean-Pierre Luton prend en charge les patients demandant un changement de sexe, les examinent, selon un protocole sévère sur une durée de 2 à 4 ans et déterminent les cas où l'intervention peut-être autorisée. 85 patients ont été traités en 10 ans. D'autres centres du même type s'ouvrent en France comme à Bordeaux, Lyon et Marseille.
En France les opérations restent encore à la limite de la légalité. Ainsi, en 1992, le PR Albert Leriche, célèbre urologue Lyonnais, décide de ne plus opérer suite aux risques légaux encourus. La même année, suite à une plainte déposée par une transsexuelle française auprès de la Cour Européenne des Droit de l'Homme et à la condamnation de la France par cette dernière, la cour de cassation reconnaissait le droit des transsexuelles à accéder à un changement d'état-civil sous condition d'une expertise médicale et d'une intervention chirurgicale.

A l'heure actuelle, le corps médical opère une distinction entre le travestissemen, le transgendérisme, et le transsexualisme.